Одомашнивание диких морских свинок началось в девятом-третьем тысячелетии до н.э. Вполне вероятно, что эти животные в поисках защиты и тепла сами приходили в жилище человека. У инков морские свинки были жертвенными животными, которых приносили в жертву богу Солнца. Особой популярностью пользовались зверьки с пестрым коричневым или белым окрасом.

Родоначальницей наших морских свинок является морская свинка Cavia aperea tschudi. Она встречается в южных районах Чили, расположенных на высоте 4200 м над уровнем моря, и живет в подземных норах небольшими группами от пяти до десяти зверьков. По внешнему виду и строению тела сильно отличается от наших морских свинок, что обусловлено кормом, обедненным водой и богатым целлюлозой, но в отношении приема пищи и плодовитости различий нет.